Untuk menjalankan program-program sosial secara profesional dan terorganisir, Yayasan Harapan Sosial memiliki struktur organisasi yang terdiri dari beberapa bagian penting, yaitu:

1. Pembina

2. Pengawas

3. Pengurus Harian

Dipimpin oleh tim inti yang menjalankan operasional yayasan sehari-hari:

4. Divisi-Divisi Pelaksana

Masing-masing divisi memiliki tugas spesifik untuk mendukung program yayasan: